O tamanho das páginas de memória em Linux e em Windows 2000 independe da plataforma de processamento para a qual o sistema foi compilado. Desse modo, por motivos de ajuste fino de desempenho, os dois sistemas operacionais utilizam páginas de tamanhos diferentes, sendo as páginas do Windows maiores que as páginas usadas no Linux.

Como os sistemas Linux e Windows 2000 possuem uma arquitetura de microkernel, o gerenciamento de memória em ambos os sistemas reside fora do kernel, nas formas de um subsistema do executivo, no caso do Windows 2000, e de um serviço que executa em modo privilegiado, no caso do Linux.

Recursos em uma partição NTFS têm atributos associados às permissões de compartilhamento, para uso em compartilhamento de arquivos por meio dos serviços de compartilhamento proprietários do Windows®. EXT2 e EXT3 também possuem um serviço de compartilhamento nativo baseado em NFS e denominado samba.

O controle de acesso a arquivos e diretórios em partições NTFS utiliza uma estrutura de objetos que possibilita atribuições de níveis complexos de permissão a cada arquivo ou parte da árvore de arquivos no sistema. Já o controle de acesso a arquivos e diretórios em partições EXT2 e EXT3 utiliza uma estrutura hierárquica, na qual, para cada objeto, apenas três níveis de permissões podem ser atribuídos: usuário proprietário, grupo e todos os usuários.

A memória virtual no Windows 2000 tem tamanho variável, pois é alocada em um arquivo que pode ter seu tamanho aumentado ou diminuído dinamicamente. No entanto, no Linux, a memória virtual tem tamanho fixo, já que é alocada em uma partição do disco rígido especialmente formatada para essa finalidade.

Os logs em sistemas Windows 2000 são divididos em 3 categorias: log de sistema (gerado pelo sistema operacional), log de segurança (gerado pelo sistema de auditoria configurável) e log de aplicativos (gerado pelos aplicativos em execução).

A configuração de sistemas Linux é, em grande parte, realizada mediante arquivos de configuração localizados tipicamente no caminho /etc/ ou em subdiretórios desse caminho. Para controlar o acesso, utilizam-se as permissões do sistema de arquivos. Assim, para uma permissão anotada como drwxr-xr-x para /etc/, em que o proprietário do diretório é o usuário root, apenas este usuário pode criar novos arquivos nesse caminho, sendo que os demais usuários do sistema podem navegar por esse diretório e, eventualmente, modificar alguns arquivos aí existentes, desde que autorizados pelas permissões associadas aos arquivos modificados.

A configuração de sistemas Windows 2000 é controlada por um único arquivo de registro, que pode ser acessado e modificado por meio do aplicativo editor do registro (regedit). Entretanto, esse aplicativo está disponível apenas no modo somente leitura a usuários sem privilégios administrativos, que não podem realizar alterações no registro que comprometam o funcionamento do sistema.

O sistema de log do Windows 2000 possui uma interface gráfica denominada visualizador de eventos. Do mesmo modo, o Linux possui uma interface gráfica para o seu sistema de log, denominada syslog.

Todos os comutadores podem ser considerados como de camada 3.