A identificação molecular de micobactérias é essencial para que se conheça a epidemiologia das diferentes espécies. Com a redução do custo do sequenciamento de DNA e aumento da disponibilidade de sequenciadores de DNA, a amplificação e sequenciamento parcial de genes de cópia única tem sido cada vez mais utilizada nos laboratórios de micobactérias. São utilizados mais frequentemente os seguintes alvos gênicos para essa finalidade: