A Doença de Crohn apresenta tipicamente um acometimento descontínuo (lesões saltatórias), com presença de úlceras aftoides ou lineares profundas e preservação frequente do reto.

A colite ulcerativa caracteriza-se por inflamação transmural que atinge a serosa, apresentando frequentemente fístulas perianais e abscessos intra-abdominais como manifestações iniciais do quadro.

O achado de 'calçamento' (cobblestone appearance) é patognomônico de colite ulcerativa distal, resultando da perda completa de mucosa e exposição de grandes áreas de gordura submucosa.

O aparecimento de pseudopólipos inflamatórios na mucosa colônica indica obrigatoriamente a presença de displasia de alto grau, sendo uma indicação absoluta para proctocolectomia total preventiva.

A classificação de Mayo é utilizada na Doença de Crohn para graduar a atividade endoscópica de zero a dez, baseando-se no tamanho das úlceras e na extensão da estenose cicatricial.