A direção nacional compete ao CONASS (conselho de secretários estaduais de saúde) e ao CONASEMS (conselho de secretários municipais de saúde), que centralizam a gestão federal.

A direção única em cada esfera é uma diretriz constitucional e deve ser exercida, no nível federal, pelo Ministério da Saúde.

Municípios não podem organizar consórcios intermunicipais para executar ações de saúde.

A lei proíbe qualquer tipo de participação complementar da iniciativa privada nas ações do SUS.

O SUS pode ser organizado de forma não regionalizada, a depender da decisão estadual.