Lesões ulceradas que persistem por mais de 15 dias em borda de língua devem ser tratadas exclusivamente com corticosteroides tópicos antes de qualquer suspeita de malignidade devido à alta incidência de líquen plano erosivo nessa localização.

O diagnóstico de sífilis primária (cancro) deve ser descartado, pois o cancro sifilítico é obrigatoriamente indolor e nunca apresenta o aspecto endurecido característico das neoplasiasmalignas epiteliais.

A presença de bordos sobrelevados e induração descarta a possibilidade de uma úlcera traumática simples, confirmando o diagnóstico clínico de CEC e dispensando a análise histopatológica para o início do tratamento oncológico.

A paracoccidioidomicose é improvável como diagnóstico diferencial, uma vez que as lesões fúngicas profundas manifestam-se apenas como pontuados hemorrágicos (estomatite de Aguiar-Pupo) e nunca como úlceras solitárias endurecidas.

A úlcera eosinofílica é o principal diagnóstico diferencial; caracteriza-se por uma infiltração inflamatória profunda que pode simular a induração do CEC, apresentando frequentemente uma cura lenta após a realização de uma biópsia incisional.