As farmácias de manipulação estão proibidas de realizar o fracionamento de especialidades farmacêuticas, mesmo em caráter excepcional, para adequar o medicamento à prescrição ou em caso de indisponibilidade de matéria-prima no mercado.

A farmácia pode centralizar ou terceirizar todas as atividades relacionadas ao controle de qualidade, inclusive aquelas executadas durante a manipulação, desde que mantenha registros documentais e responsabilidade técnica sobre o produto final.

A farmácia deve manter um registro atualizado de todas as matérias-primas adquiridas, contendo, no mínimo, o nome do fabricante, o número do lote do fabricante, a data de aquisição, a quantidade adquirida e o resultado da análise de controle de qualidade, constituindo documentação essencial para a rastreabilidade das preparações.

As substâncias de baixo índice terapêutico devem ser obrigatoriamente armazenadas no mesmo local destinado às substâncias sujeitas a controle especial, em razão do maior risco sanitário associado ao seu uso.