A intensa exploração pesqueira, com exceção da pesca de subsistência, incluindo aspectos particulares como a caça submarina e a captura para o comércio aquarista e de medicina popular, tem levado diversas espécies à situação de sobrepesca ou ameaça de extinção.

A bacia Amazônica é, de longe, a mais rica em espécies no Brasil (aproximadamente 1.400 espécies no território brasileiro), deve sua riqueza não apenas à sua grande área, mas também a fatores históricos, juntamente com sua heterogeneidade ecológica e complexidade geomorfológica.

Atualmente, têm-se informações necessárias para a aplicação dos critérios de avaliação do estado de conservação em peixes marinhos, bem como dados populacionais suficientes e informações sobre aspectos biológicos gerais para a maioria das espécies.

Os maiores impactos, estimados a partir dos dados preenchidos nas fichas de avaliação das espécies da ictiofauna marinha brasileira, são causados pela introdução de espécies exóticas e pelas ameaças indiretas, tais como falta de alimentos.