O hidróxido de cálcio atua como barreira física, impede a reinfecção do SCR e interrompe o suprimento de nutrientes para as bactérias que sobreviveram ao preparo mecânico químico.

A atividade antimicrobiana do hidróxido de cálcio deve-se ao seu elevado pH, que varia de 12,5 a 12,8, e está relacionada com a liberação de íons hidroxila em meio aquoso.

Para ser eficaz contra bactérias localizadas no interior dos túbulos dentinários, os íons OH do hidróxido de cálcio deverão difundir-se na dentina em concentração suficiente e exceder a capacidade tampão da dentina atingindo níveis de pH suficiente para destruir as bactérias.

O hidróxido de cálcio em veículo inerte não promove a eliminação das bactérias presentes nos túbulos dentinários a curto prazo.