A ANVISA e o Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS) integram o SNVS no plano federal.

A coordenação do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária é exercida pela ANVISA e se dá a partir de um processo de negociação entre os integrantes desse sistema.

A elaboração de normas regulamentadoras para os estabelecimentos que desenvolvem processos produtivos e oferecem serviços à população é de competência exclusiva da ANVISA.

A relação entre os entes federativos não é de subordinação, mas sim de pactuação e compartilhamento de competências entre as instâncias, sob a ótica da solidariedade e da responsabilidade.