O primeiro é predominantemente um porto exportador de granéis agrícolas, enquanto o segundo é um porto caracterizado pela movimentação de contêineres.

O primeiro é um porto público administrado pelo Governo do Estado, enquanto o segundo é um terminal de uso privativo.

O primeiro é um porto público administrado pela Prefeitura Municipal de São Francisco do Sul, enquanto o segundo é o maior porto exportador de Santa Catarina.

O primeiro é um porto de águas profundas, com um calado de 14 m, enquanto o segundo é um porto fuvial com amplas áreas de armazenagem dentro da área do porto organizado.

O primeiro é um porto especializado em importação de combustíveis e bens manufaturados, enquanto o segundo é um porto especializado em cargas soltas como produtos siderúrgicos e celulose.