Determinadas condições cardíacas apresentam maior risco de endocardite infecciosa devendo realizar profilaxia antibiótica, quando submetidas a cirurgias de alto risco. São consideradas indicações para profilaxia antibiótica para endocardite infecciosa pacientes com: cardiopatia congênita corrigida com shunt residual até seis meses do procedimento, prótese valvar transcateter, episódio prévio de endocardite e cardiopatia congênita cianótica.