Usar sequenciamento para substituir precauções e higiene, pois identifica o paciente-fonte e encerra o surto sem outras medidas de controle.

Restringir ao contexto de pesquisa, por considerar inexistente aplicabilidade operacional em controle de infecção e custo impeditivo ao uso prático.

Usar sequenciamento para estimar relação entre isolados e apoiar hipóteses de transmissão, complementando a investigação epidemiológica e medidas de controle

Usar sequenciamento para definir antibiótico ideal e dispensar teste de sensibilidade fenotípica, reduzindo tempo de ajuste terapêutico na UTI.

Limitar a infecções virais, por considerar que bactérias multirresistentes não possuem assinatura genômica útil para rastrear transmissão.