O bom funcionamento deste sistema reflete na respiração, mastigação, deglutição e fonação corretas.

O bom é que muitas vezes o mau funcionamento é diagnosticado desde a tenra idade, e são formados muitas vezes no parto e nos primeiros anos de vida da criança.

O mau funcionamento do SE podem causar dores de cabeça, de ouvido, inflamações crônicas de garganta, escoliose, bruxismo, apneia do sono, falta de concentração, hiperatividade, diminuição da capacidade aeróbica, gastrite, entre outros.

Como principais causadores do mau funcionamento do SE, destacam-se a cesariana, já que a criança nasce de forma não natural, com grande possibilidade de que as principais vias (nariz e boca) sejam entupidas pelo líquido amniótico, causando ferimentos e dificultando a formação do sistema estomatognático.