A EELS registra cada evento de excitação independentemente do mecanismo posterior de retorno do átomo ao seu estado fundamental de energia. Dessa forma, a EELS está fundamentada em um circuito primário, enquanto a microanálise de raios X se baseia em um circuito secundário.

A EELS faz uso de um evento secundário, que é a emissão de energia pelo núcleo do átomo ionizado, enquanto a microanálise de raios X detecta um evento primário, que é a emissão de energia de um elétron.

Para obter informações da amostra, a EELS emprega um evento secundário, que é a emissão de energia pelo elétron, ao passo que a microanálise de raios X utiliza um evento primário, que é a emissão de raios X pelos elétrons do átomo ionizado.

A EELS utiliza um evento secundário: o decaimento da energia dos raios X. A microanálise de raios X detecta as mínimas variações na intensidade dos raios X.

A EELS usa eventos primários e secundários simultaneamente, detectando variações de energia liberadas pelo núcleo e pelos elétrons dos átomos ionizados. A microanálise de raios X, por sua vez, detecta apenas o evento primário de liberação de energia dos elétrons dos átomos ionizados.