Insônia aguda e grave com alucinações é comum na fase inicial da encefalite anti-receptor NMDA, habitualmente seguida por hipersonolência e despertares confusionais na fase de recuperação.

A ocorrência de estridor laríngeo e laringoespasmo relacionados ao sono, especialmente superpostos à apneia obstrutiva do sono, são indicativos de doença anti-IgLON5.

A encefalite anti-Hu habitualmente está associada com hipoventilação central durante o sono.

Narcolepsia secundária por lesão cerebral é característica da doença associada ao anti-aquaporina4.

Parassonias do sono REM são típicas das encefalites límbicas, especialmente quando associada ao anti-Caspr2.