Órgãos autônomos são os que se localizam na cúpula da Administração, subordinados diretamente à chefia dos órgãos independentes; gozam de autonomia administrativa, financeira e técnica e participam das decisões governamentais. Entram nessa categoria os Ministérios, as Secretarias de Estado e de Município, o Serviço Nacional de Informações e o Ministério Público.