Tem grande valor diagnóstico na avaliação microbiológica das micobactérias, fungos patogênicos e Legionella.

A coleta do exame citopatológico do escarro deverá ser realizada pela manhã, em jejum, durante três dias consecutivos.

Para diagnóstico das infecções fúngicas, devem ser coletadas duas a três amostras em dias consecutivos.

A amostra para pesquisa de fungos deverá ser processada em menos de duas horas. Caso contrário, terá de ser mantida a 4ºC por tempo limitado.

Não há necessidade de cuidados especiais na coleta do escarro.