O primeiro fundo criado foi o Fundo Verde-Amarelo, em 1998. Atualmente, há 15 fundos no total, cujas receitas advêm principalmente de contribuições compulsórias incidentes sobre o faturamento bruto das empresas de cada setor no período de um exercício fiscal, deduzidos os tributos.

Cada fundo possui seu comitê gestor e os recursos de todos os fundos são administrados pela Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), empresa pública vinculada ao Ministério da Ciência e Tecnologia.

Das alterações decorrentes da regulamentação do FNDCT, em 2009, uma das mais significativas foi a substituição do Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais (CCF) pela Secretaria Executiva dos Fundos Setoriais, criando novo modelo de governança dos fundos.

Ao financiar projetos científico-tecnológicos, os fundos incentivam não apenas a criação de conhecimento, mas também sua transferência para empresas privadas, caracterizando um mecanismo de estímulo à inovação e ao fortalecimento do sistema de ciência e tecnologia do país.

A forma de seleção de projetos é por meio de chamadas públicas, em editais anuais específicos que não admitem propostas que prevejam a execução do projeto em períodos superiores a doze meses.