É possível que o micropênis esteja relacionado com fatores genéticos, mas na maior parte dos casos, a culpa é de um déficit hormonal. É possível que, durante a gravidez, a produção de testosterona diminua e, consequentemente, o pênis não consiga se desenvolver corretamente.

Além da condição isolada, o micropênis também pode vir acompanhado de duas outras condições: hipospádia, quando os testículos estão fora da bolsa, e criptorquidia, quando o buraquinho por onde sai a urina não está na ponta do pênis.

Quando possível, o tratamento consiste na reposição da testosterona para aumentar o tamanho peniano.

Um micropênis possui toda a anatomia de um pênis normal - corpo esponjoso, corpos cavernosos, uretra, glande e prepúcio -, apenas em uma escala menor. Isso significa que, a despeito do tamanho, um micropênis é capaz de exercer todas as funções esperadas: permite a passagem de urina e a ejaculação, além de ser sensível ao toque e capaz de se tornar ereto.