O processo físico de formação do cálculo compreende uma complexa cascata de eventos que ocorre à medida que o filtrado glomerular atravessa o néfron. Nas concentrações em que a maioria dos componentes de sais formadores de cálculos (incluindo cálcio, oxalato e fosfato) estão presentes na urina, a urina é supersaturada, favorecendo a formação de cristais. No entanto, a presença de moléculas que aumentam o nível de supersaturação necessários para iniciar a nucleação do cristal ou reduzir a taxa de crescimento ou agregação do cristal impede que a formação de cálculos ocorra rotineiramente. São moléculas consideradas inibidores de cristalização: