O Atlas dos Remanescentes Florestais da Mata Atlântica, elaborado pela Fundação SOS Mata Atlântica e pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais – Inpe, descreve a distribuição e monitora as alterações da cobertura vegetal, produzindo informações atualizadas sobre os municípios. No período 2013/2014, a cobertura de mata atlântica abrangia apenas 3% do território de Itaocara. Segundo lista disponibilizada pelo IBAMA no mesmo período, espécies ameaçadas de extinção são encontradas nesses fragmentos de mata.

Destacam-se:

- Vegetação: cedro (Cedrela fissilis), cerejeira (Amburana cearensis), imbirema (Couratari asterotricha), pau-marfim (Balfourodrendon riedelianum).

- Aves: 36, dentre as quais, maracanã-verdadeira (Primolius mara cana), ameaçada pela comercialização, e o picapau-douradoescuro (Piculus chrysochloros).

- Mamíferos: tamanduás Myrmecophaga tridactyla e Tamandua tetradactyla; tatus Cabassous sp. e Dasypus septemcinctus; lontra (Lontra longicaudis); irara (Eira Barbara); lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), gato do mato (Felis tigrinus); morcegos (Chiroderma dioriae e Platyrrhinus recifinus), macaco prego (Cebus nigritus) e paca (Cuniculuis paca).

- Anfíbios: Ischnocnema OEA e Scinax trapicheiroi.

- Répteis: cágado (Mesoclemmys hogeie) e jacaré de papo amarelo (Caiman latirostri).

Apesar de a extinção ser um processo natural, a fragmentação, exploração e degradação do ambiente pelo homem interfere de forma a acentuar e aumentar a velocidade desse processo.