Uma das combinações mais utilizadas em colorações histológicas de rotina é a da eosina e hematoxilina. Quando há essa combinação, os ácidos nucleicos são corados pela eosina, dando ao núcleo um tom azulpúrpura. Já a hematoxilina, um corante ácido, cora o citoplasma da célula em tom rosa ou vermelho.

Depois da hidratação do corte, no caso da utilização da combinação hematoxilina/eosina, primeiramente o tecido é imerso em eosina, lavado em água para retirada do excesso, e, posteriormente, imerso em hematoxilina.

A hematoxilina é um corante básico e estruturas basófilas da célula são prontamente coradas em azul por esse material, destacando-se a heterocromatina, nucléolo e matriz extracelular da cartilagem.

Alguns corantes apresentam a capacidade de reagir com componentes do tecido, corando-os com uma cor diferente da solução corante, como o azul de metileno, que apresenta a solução na cor azul, mas cora estruturas em vermelho. Essa propriedade é chamada de policromia.

Para reforçar a ação de corantes e tornar as colorações mais seletivas, pode-se utilizar um mordente, um elemento (metal ou íon de metal) que se liga covalentemente ao corante, facilitando sua ligação ao tecido. O mordente deve ser usado somente após a utilização do corante. Utilizá-lo antes da coloração não traz nenhuma alteração na ação do corante.