A heparina de baixo peso molecular oferece vantagens em relação à heparina não fracionada devido à possibilidade de uso subcutâneo, de apresentar menor risco de sangramento e menor frequência de coleta sanguínea para monitorização da dose. Sua ação é principalmente dependente da concentração plasmática de antitrombina, o que explica a resistência de crianças menores à heparina.