Os patógenos mais frequentemente isolados de amostras oriundas de pacientes com suspeita de infecções hospitalares são os do grupo de bactérias Gram-positivas, como a Escherichia coli e as Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp.

A identificação dos gêneros dos microrganismos é suficiente para que medidas importantes no controle da infecção hospitalar sejam adotadas.

Métodos de tipagem epidemiológica que determinam características fenotípicas são os mais adequados para a caracterização dos micro-organismos associados à infecção hospitalar.

Klebsiella pneumoniae, produtora de b-lactamase, cujo resultado no antibiograma apresentou resistência intermediária à ampicilina, deve ser considerada sensível a esse antibiótico.

Cepas de Staphylococcus aureus resistente à meticilina ou à oxacilina e glicopeptídeos são denominados de MRSA e MARSA respectivamente.