A maioria desses tumores é maligna, sendo menos de 15% diagnosticados na apresentação benigna.

Os lipomas são mais frequentemente encontrados no corpo gástrico e no duodeno.

Para algumas lesões subepiteliais como lipomas, cistos de duplicação e pâncreas ectópico, as características endoscópicas e de ultrassom endoscópico são consideradas diagnósticas, não sendo necessárias biópsias.

As lesões subepiteliais necessitam de seguimento endoscópico, inclusive os lipomas.

Nem todos os tumores estromais gastrointestinais têm potencial maligno.