A gestão municipal é responsável apenas pela promoção da saúde, enquanto a prevenção e tratamento de doenças permanecem com o governo estadual.

É a divisão do campo de atuação do sistema em três componentes: assistência à saúde, demandas ambientais e políticas extra-setoriais, resgatando o princípio constitucional da integralidade e permitindo a construção de um modelo assistencial que incorpora ao modelo tecnológico clínico dominante o modelo epidemiológico.

Toda a rede de unidades prestadoras de serviços de saúde fica vinculada ao gestor municipal, que é o responsável por todas as atividades de gestão dos serviços e ações de saúde do município, ambulatoriais e hospitalares.

O gestor municipal do SUS e os prestadores são sempre estatal (o governo municipal por meio da Secretaria Municipal da Saúde).