Possuem poder regulador e independência política dos seus dirigentes, que são investidos de mandatos com estabilidade no cargo por determinado prazo.

Possuem função de poder concedente, por delegação, nos processos de outorgas de concessão, autorização e permissão, exceto no caso das agências que atuam nos setores de infraestrutura.

Os seus dirigentes são indicados e nomeados pelo Senado Federal, após aprovação do Presidente da República, com independência decisória, na medida em que suas decisões não são passíveis de recursos hierárquicos.

O mandato dos dirigentes das agências termina quando o Presidente da República assim o determina, em caso de renúncia, de indiciamento ou de processo administrativo disciplinar.

O mandato dos dirigentes das agências termina apenas em caso de renúncia, de condenação judicial transitada em julgado ou de determinação do Presidente da República, exceto nos casos de processo administrativo disciplinar.