O sistema de controle interno tem finalidade exclusivamente corretiva, atuando após a identificação de irregularidades, sendo vedada sua atuação prévia ou concomitante à execução dos atos administrativos.

O sistema de controle interno visa avaliar o cumprimento das metas do PPA, comprovar a legalidade e avaliar os resultados da gestão orçamentária, financeira e patrimonial, apoiar o controle externo e exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias.

O controle interno realiza controle preventivo sobre os atos públicos, cabendo ao controle externo exercido pelo Tribunal de Contas, a fiscalização.

A Constituição Federal restringe o sistema de controle interno ao Poder Executivo e Legislativo.