Na pesquisa direta do Treponema pallidum com material corado pode-se usar o Método Fontana-Tribondeau, que utiliza tinta da China, e o Giemsa, com nitrato de prata.

O teste de anticorpos treponêmicos fluorescentes com absorção – FTAAbs é o primeiro teste a apresentar resultado reagente após a infecção pelo Treponema pallidum.

O VDRL (Venereal Disease Research Laboratory) é o único teste não treponêmico que não pode ser utilizado em amostra de líquido cefalorraquidiano.

Nos testes não treponêmicos, especialmente na sífilis secundária, quando há baixa produção de anticorpos, podem ocorrer resultados falso-negativos em decorrência do fenômeno de prozona.

A pesquisa do Treponema pallidum por microscopia de campo escuro pode ser realizada somente nas lesões primárias.