Para cada agente imunizante há uma via de administração recomendada, que deve ser obedecida rigorosamente.

Deve ser adiada a aplicação de vacinas em pessoas submetidas a tratamento com medicamentos em doses imunodepressoras, por causa do maior risco de complicações ou da possibilidade de resposta imune inadequada.

As vacinas vivas (vacina contra sarampo, contra rubéola, contra caxumba, contra febre amarela, BCG) são contraindicadas em gestantes

A desnutrição constitui uma contraindicação à vacinação.