A auditoria retrospectiva é feita após a alta do paciente utilizando o prontuário para avaliação.

A auditoria operacional ou concorrente é a auditoria feita enquanto o paciente está internado ou em atendimento ambulatorial.

Auditoria interna, que é realizada por elementos da própria instituição, tem a vantagem de conhecer as inovações e expectativas dos serviços e não ter dependência administrativa.

A auditoria externa é realizada por elemento não-pertencente à instituição, especialmente contratado para a auditoria, que tem a desvantagem de não vivenciar a realidade da instituição.

Auditoria contínua, que avalia períodos determinados, tem a revisão seguinte sempre iniciada a partir da última auditoria.