Em infecções virais, a amostra para cultura virai deve ser colhida logo no início da fase aguda, antes que o vírus deixe de ser excretado nas secreções do indivíduo infectado.

Para a pesquisa do RNA virai, as principais técnicas moleculares utilizadas são o RT-PCR e o qRT-PCR, que permitem detectar o ácido nucleico virai até, aproximadamente, o oitavo dia após o aparecimento dos sintomas.

Similares às amostras do exame bacteriológico, existem algumas amostras melhores que outras para o diagnóstico de infecções fúngicas a exemplo de aspirados de ossos e articulações para cultura fúngica.

Nenhum meio de cultura isoladamente é suficiente para isolar todos os fungos clinicamente importantes, e é usualmente aceito que devam ser utilizados, pelo menos, 2 (dois) tipos de meios, seletivo e não seletivo.

Uma vez inoculada, as culturas fúngicas devem ser incubadas em anaerobiose, em uma temperatura adequada e por um período suficiente para assegurar a recuperação dos fungos a partir das amostras clínicas.