No caso de recém-nascidos e bebês, a obstrução intestinal costuma ser causada por defeito congênito, doença de Hirschsprung, uma torção de uma das alças do intestino (vólvulo), um estreitamento ou ausência de uma parte do intestino (atresia intestinal) ou a sobreposição de um segmento do intestino sobre outro (intussuscepção).

Em adultos, as causas mais comuns no geral são faixas de tecido cicatricial internas resultantes de cirurgia abdominal prévia (aderências), partes do intestino se projetando por uma abertura anormal (hérnias) e tumores. A probabilidade de uma causa particular varia dependendo da parte afetada do intestino.

Uma obstrução do primeiro segmento do intestino delgado (duodeno) pode ser causada por câncer do pâncreas, tecido cicatricial de uma úlcera ou por doença de Crohn. Em casos raros, a obstrução de outras partes do intestino delgado pode ocorrer devido a um cálculo biliar, uma massa de alimentos não digeridos ou a presença de vermes parasitas. Uma obstrução do intestino grosso é comumente causada por câncer, diverticulite ou um bolo de fezes rígido (compactação fecal). Aderências e vólvulos são causas menos comuns da obstrução do intestino grosso.

Se uma obstrução interromper o fornecimento de sangue para intestino, a condição é conhecida como estrangulamento. O estrangulamento ocorre em aproximadamente 25% das pessoas com obstrução do intestino delgado. Geralmente, o estrangulamento ocorre quando parte do intestino fica presa em uma abertura anormal (hérnia estrangulada), vólvulo ou intussuscepção. Pode ocorrer gangrena em cerca de seis horas. Com a gangrena, a parede intestinal gangrena, normalmente provocando uma ruptura que leva à peritonite, choque e, se não for tratada, morte.