Estão presentes nos lisossomos em elevadas quantidades para supervisionar o processo de enrolamento de proteínas recentemente sintetizadas ou danificadas, sequestrando as proteínas danificadas para serem enroladas novamente ou destruídas.

Podem induzir a destruição proteica. Em casos de danos proteicos massivos, em que o nível de proteínas a degradar excede a capacidade dos sistemas proteolíticos intracelulares, as chaperonas ajudam a promover a formação de corpos de inclusão, as quais visam a segregação de proteínas danificadas para posterior degradação pelas proteases do sistema mitocondrial.

As chaperonas facilitam a formação de proteínas inativas e consequente a agregação, além de possibilitar a reativação de proteínas inativas.

As chaperonas são capazes de reconhecer as superfícies hidrofílicas dos polipéptidos para evitar a sua agregação, e de se ligarem a proteínas desconfiguradas com recurso a ATP para removê-las do ambiente celular.

As suas funções principais são evidenciadas em condições patológicas, promovendo a retificação de estruturas de proteínas desnaturadas;