Os conselhos profissionais de caráter nacional passaram a ser reconhecidos como autarquias federais por meio da Lei n.º 9.649/1998. Entretanto, por essa lei ter sido declarada inconstitucional pelo STF, tais conselhos são atualmente entes privados que prestam serviços públicos delegados pela União.

As autarquias federais gozam de privilégios processuais como prazo em dobro para contestação, isenção de custas processuais, duplo grau de jurisdição obrigatório e dispensa do depósito prévio no ajuizamento de ação rescisória.

O regime de pessoal das autarquias federais é o regime jurídico único, sendo o quadro de pessoal dessas entidades composto por agentes políticos sujeitos a regras como exigência de concurso público, vedação à acumulação, teto remuneratório e estabilidade.

A elaboração e o controle de orçamentos e balanços das autarquias federais são regulados pela Lei n.º 4.320/1964 e pelas regras de responsabilidade fiscal da Lei Complementar n.º 101/2000. As autarquias federais também estão sujeitas à fiscalização do TCU.

As autarquias federais gozam de imunidade tributária sobre seu patrimônio, renda e serviços, e, sobre estes mesmos elementos, de imunidade fiscalizatória, o que impede que outras pessoas jurídicas de direito público lhes imponham multas administrativas.