A nomeação e a exoneração de seus diretores dá-se por atos administrativos discricionários, praticados sucessivamente pelo Presidente da República e pelo Senado Federal.

A lei pode garantir aos diretores das agências reguladoras um mandato, sem prejuízo da sua exonerabilidade ad nutum pela Chefia do Poder Executivo.

As decisões das agências são terminativas na esfera administrativa, salvo quando haja previsão legal do cabimento de recurso hierárquico impróprio para o Ministério.

Os atos normativos editados pelas agências não têm força de lei, mas podem revogar leis anteriores incompatíveis com o seu conteúdo, de acordo com a jurisprudência do Supremo Tribunal Federal.