A microbiota do canal radicular em dentes necrosados apresenta infecções monomicrobianas com predomínio de bactérias aeróbias estritas.

Quando microrganismos conseguem sobreviver à terapia endodôntica ou quando infectam o sistema de canais radiculares durante o tratamento endodôntico ou após ele, estabelecem-se as infecções persistentes e secundárias, respectivamente.

Os microrganismos que não toleram a presença do oxigênio são os primeiros colonizadores pulpares, enquanto os microrganismos aeróbios são considerados invasores secundários tanto da polpa quanto do periápice.

Os Bacilos produtores de pigmentos negros, atualmente distribuídos pelos gêneros Prevotella e Porphyromonas, estão mais associadas a infecções periapicais crônicas, em que não há presença de dor do paciente.

A microbiota de canais tratados endodonticamente associados à patologia perirradicular persistente apresenta diversidade em sua microbiota semelhante á infecção primária.