As autoridades responsáveis pela distribuição da receita efetivamente arrecadada transferirão automaticamente ao Fundo Nacional de Saúde (FNS) os recursos financeiros correspondentes às dotações consignadas no Orçamento da Seguridade Social, a projetos e atividades a serem executados no âmbito do SUS.

Os recursos financeiros do SUS serão depositados na conta única do tesouro, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde.

O Ministério da Saúde acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios. Constatada a malversação, desvio ou não aplicação dos recursos, caberá aos Tribunais de Contas aplicarem as medidas previstas em lei.

Para o estabelecimento de valores a serem transferidos a Estados, Distrito Federal e Municípios, será utilizada uma combinação de critérios, entre os quais estão o perfil demográfico da região, a previsão do plano trienal de investimentos e o desempenho econômico do período anterior.

Nos casos de Estados e Municípios sujeitos a notório processo de migração, os critérios demográficos utilizados para repartição dos montantes pelo Fundo Nacional de Saúde serão ponderados por outros indicadores de crescimento populacional, em especial o número de alunos matriculados na rede pública de ensino.