O Moodle só pode ser instalado em servidores com sistema operacional Windows Server, sendo incompatível com servidores Linux, que são os mais utilizados em ambientes acadêmicos.

No Moodle, os perfis de acesso são rigidamente fixos e iguais para todos os usuários – professores e alunos possuem exatamente as mesmas permissões dentro de qualquer curso cadastrado na plataforma.

O Moodle não permite a criação de categorias ou subcategorias de cursos, organizando todos os cursos em uma única lista sem possibilidade de separação por departamento, área ou nível de ensino.

O Moodle possui uma estrutura de papéis e permissões configurável, permitindo que o administrador defina diferentes níveis de acesso para perfis como administrador, professor, tutor, aluno e visitante, controlando o que cada perfil pode visualizar e editar na plataforma.

Por ser uma plataforma de código aberto, o Moodle não oferece suporte técnico de nenhuma natureza e não possui documentação oficial, cabendo inteiramente à instituição desenvolver seus próprios manuais de uso.