A teoria da menstruação retrógrada é bem aceita devido ao fato de todas as mulheres com menstruação retrógrada apresentarem endometriose.

Estudos têm demonstrado que fatores imunológicos podem ter um papel importante para determinar se uma paciente desenvolverá a doença, bem como sua extensão.

Os implantes endometrióticos não apresentam a enzima aromatase, ao contrário do endométrio normal e essa diferença pode ter relação com o desenvolvimento da doença.

Fatores genéticos parecem ser muito pouco importantes, já que a incidência da doença em mulheres com antecedente familiar de primeiro grau é quase idêntica a daquelas sem antecedente familiar.

A teoria da metaplasia celômica foi abandonada, pois não existem células totipotenciais no peritônio ou no ovário, o que seria essencial para dar suporte a esta teoria.