Para o diagnóstico de esofagite eosinofílica, é importante que outras causas sistêmicas e locais de eosinofilia esofágica sejam descartadas.

Pacientes adultos que atingem a remissão clínica e histológica com o uso de inibidores da bomba de prótons têm como diagnóstico outra entidade, que não a esofagite eosinofílica.

O sexo masculino é um importante fator de risco para a esofagite eosinofílica em adultos e crianças.

Para o diagnóstico, ao menos 6 fragmentos de biópsias devem ser obtidos, de pelo menos 2 localizações diferentes do esôfago.

A coloração com hemotoxilina-eosina, normalmente, é suficiente para o diagnóstico histológico.