CH pode ser dividida em CH de início precoce (até 72 horas após infusão de células-tronco) e CH de início tardio (mais 72 horas após infusão de células-tronco hematopoiéticas).

A ocorrência de CH está principalmente relacionada às drogas citotóxicas durante o pré-condicionamento, ativação do vírus latente em vivo e disfunção imunológica após TCTH.

A reativação de CMV tem sido demonstrada como um fator de risco para ocorrência de CH.

A HC é geralmente tratada com hidratação e lavagem contínua da bexiga e, em casos graves, podendo usar oxigenoterapia hiperbárica, ácido hialurônico e terapia com células-tronco mesenquimais.

Apesar de estar relacionado à ocorrência de CH, a presença de BK vírus na urina de pacientes com cistite hemorrágica ocorre em menos de 30% dos pacientes.