O paciente é colocado em posição supina com hiperextensão do pescoço; realiza-se antissepsia da pele da região cervical com álcool 70º e em geral não é necessária anestesia local.

Embora esse método apresente baixo risco de complicações, envolvendo principalmente dor, desconforto e pequenos hematomas, outras mais graves podem ocorrer.

A causa mais comum de amostras não diagnósticas está relacionada à falha na técnica da punção (operador); nesses casos, não está indicada uma nova PAAF.

As punções aspirativas por agulha fina (PAAF) são muito úteis em casos em que a citologia é suficiente para o diagnóstico e, portanto, em algumas situações constituem o método ideal pelo baixo risco, permitindo análises imunocitoquímicas e citogenéticas, citometria de fluxo e até mesmo microbiológicas.