O uso de marcadores com base no DNA permite uma avaliação das relações filogenéticas entre espécies, gêneros e famílias, bem como entre populações. Embora as diferenças encontradas nas sequências de DNA possam ser modificadas pela ação do ambiente, esses marcadores são mais vantajosos, quando comparados aos marcadores morfológicos e aos proteicos, pois são fixados no momento da fertilização.