Os refúgios da fauna silvestre são motivo de preocupação pela possibilidade de transmissão de doenças de veiculação hídrica, pois alguns animais de sangue quente, como certos pássaros e roedores, são reservatórios para Giardia, Cryptosporidium, Salmonella, Campylobacter e Yersinia, entre outros agentes patógenos transmitidos pela água.