A teoria da trofobiose diz respeito a suscetibilidade das plantas aos ataques de pragas quando estão fisiologicamente desequilibradas, isto pode ocorrer devido ao uso de agrotóxicos e fertilizantes químicos.

Na agroecologia é permitido utilizar o calcário como corretor químico da acidez do solo.

No manejo de pragas busca-se maximizar o uso do controle biológico para equilibrar o agroecossistema, no entanto, se uma praga apresenta ameaça econômica para a lavoura admite-se utilizar defensivos alternativos, químicos de baixa toxidez e inserir inimigos naturais na lavoura.

Para o controle de plantas indesejáveis, é preferível uma roçada do que uma capina, pois o solo exposto acarreta perda de fertilidade por destruir a matéria orgânica do mesmo.