A pesquisa de vírus pela técnica do PCR no liquor (reação em cadeia pela polimerase) não apresenta boa sensibilidade para os principais agentes.

A ressonância magnética é o exame de imagem de escolha quando há forte suspeita de encefalite.

Nos casos de encefalite por Mycoplasma, frequentemente isolamos o microorganismo na cultura do liquor.

Na encefalite herpética há aumento específico da IgG no liquor a partir do terceiro dia de doença.