Sobre a região plana da ilha de São Vicente há vasta vegetação, devido ao alto processo de impermeabilização do solo urbano, sendo que na região norte da ilha, nos bairros da Alemoa, do Chico de Paula e do Saboó ainda verificam-se resquícios de manguezais.

Na área continental Ao norte do Rio Quilombo, há problemas ambientais também devido à expansão do Pólo Industrial de Cubatão. Ao sul desse vale, no bairro do Sítio das Neves, encontra-se o aterro sanitário municipal, no terreno de uma antiga pedreira.

A área insular estende-se sobre a Ilha de São Vicente, cujo território é dividido com o município vizinho de São Vicente. Com uma área de 39,4 km², densamente urbanizada, abriga quase a totalidade dos habitantes da cidade.

Nas partes planas da área continental encontram-se vastas extensões de manguezais ao longo do Canal de Bertioga, cortadas por rios que formam meandros na planície: rios Diana, Sandi, Iriri e Quilombo.