Fazem parte do PNSCO as doenças: epididimite ovina e caprina, artrite encefalite caprina, maedi visna, língua azul, micoplasmose, toxoplasmose e scrapie.

O PNSCO contempla atividades de educação sanitária, estudos epidemiológicos e abate imediato dos animais com diagnóstico das doenças que integram o Plano.

Entre as atividades do PNSCO está a vigilância epidemiológica, que institui/nomina barreiras sanitárias móveis em áreas de risco.

Atualmente, o PNSCO encontra-se em fase de estruturação e, portanto, nenhuma medida sanitária preventiva está sendo realizada.

A vigilância epidemiológica realizada pelo Serviço Oficial (Federal, Estadual ou Municipal) se dá pela inspeção em matadouros (abatedouros-frigoríficos), fiscalização de estabelecimentos, fiscalização de eventos pecuários, fiscalização do trânsito de animais e monitoramentos soroepidemiológicos.