Em sua forma amastigota tem sua localização intracitoplasmática nas células de diversos órgãos dos vertebrados.

A forma tripomastigota é encontrado nos tecidos de forma intracelular e altamente reprodutivo.

A forma tripomastigota é encontrada nas fezes e urina do inseto vetor e não é infectante.

A forma epimastigota do T. cruzi é encontrada no baço, fígado, células musculares e neuroglia dos vertebrados.

A forma amastigota é encontrada no lúmem do intestino dos triatomíneos, vetores da transmissão ao homem.